Selectores de colonias microbianas QPix
Sistema automático de cribado microbiano capaz de seleccionar hasta 3000 colonias por hora
Sistema automático de cribado microbiano capaz de seleccionar hasta 3000 colonias por hora
El selector de colonias microbianas QPix® la mejor tecnología de selección de colonias de su clase para aliviar los cuellos de botella y realizar cribados de forma rápida, exacta y eficiente de bibliotecas genéticas masivas. El software intuitivo y fácil de usar guía a los usuarios a través de la configuración de los ciclos de selección de colonias en los que la robótica de precisión selecciona siempre las colonias correctas. Además del cribado microbiano, el sistema automatiza varios procesos de preparación de muestra y manipulación de placas, tales como transferencia de cultivo líquido bacteriano y siembra en placa o agar.
Los datos se registran automáticamente en la base de datos del aparato, lo que proporciona a los usuarios una pista de auditoría completa y seguimiento de la muestra, garantizando que nunca se pierdan datos. Nuestra serie modular y ampliable de selectores de colonias permite a grupos de cualquier tamaño aumentar la exactitud y el rendimiento de sus flujos de trabajo, permitiendo a la vez incrementar el rendimiento en el futuro.
Características
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Sondas específicas de organismo
Las sondas de diferentes formas y áreas de selección maximizan la eficiencia para E. coli, fagos y levadura. Las sondas específicas de siembra garantizan una distribución uniforme del cultivo líquido sobre el agar.
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Modos múltiples de adquisición de imágenes
Las colonias se pueden seleccionar en función de parámetros preespecificados usando luz blanca, fluorescencia y color. El uso de filtros permite aplicaciones como el cribado de colonias blancas/azules.
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Siembra y extensión
Se puede realizar la siembra y estriado automático de 96 muestras en 30 minutos, lo que permite disponer de más tiempo.
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Replicación, cuadrícula y selección de positivos
La manipulación y el seguimiento automatizados de placas optimizan el ensayo posterior y la gestión de las muestras. Los selectores de colonias QPix proporcionan funciones flexibles de replicación y cuadriculación de placas y selección de colonias positivas.
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Detección de agar
El sensor ultrasónico de la altura del agar detecta diferencias en la altura debidas al volumen variable de vertido, lo que permite la máxima eficiencia de la selección.
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Opciones de automatización adaptables*
El modelo QPix HT es una solución compatible con robots con una plataforma modular. El equipo de Soluciones Avanzadas de Ingeniería para Flujos de Trabajo puede adaptar un selector de colonias con una serie de servicios personalizados.
Automatice su flujo de trabajo con el selector de colonias QPix
La selección de colonias es un paso esencial en la investigación biomédica, ya que los científicos aíslan con frecuencia clones microbianos para producir en masa ADN o proteínas para su uso en diferentes aplicaciones posteriores. Tradicionalmente, la selección de colonias se realiza manualmente, empleando puntas de pipeta o asas de inoculación estériles, lo que supone un proceso lento, laborioso y largo. Los selectores automáticos de colonias no solo harán más rápido el proceso completo, sino que los resultados son más uniformes y fiables.
¿Cuál es el QPix adecuado para usted?
| ADQUISICIÓN DE IMÁGENES |
| CAPACIDAD DE SELECCIÓN |
| CRITERIOS DE SELECCIÓN DE COLONIAS |
| SELECCIÓN Y SELECCIÓN REGIONAL |
| SEGUIMIENTO CON CÓDIGO DE BARRAS |
| REDISPOSICIÓN DE MATRICES Y REPLICACIÓN |
| DISPOSICIÓN DE MATRICES |
| SIEMBRA Y ESTRIADO |
| AGAR A AGAR |
| INTEGRACIÓN DE ROBÓTICA |
| INCUBADOR CON AGITACIÓN |
| MANIPULACIÓN DE LÍQUIDOS |
| PCR |
| SELLADOR/ABRIDOR DE PLACAS |
| ELISA |
| CAPACIDAD PARA PLACAS DE DESTINO |
| APILADORES |
| CAPACIDAD PARA PLACAS DE ORIGEN |
| TIEMPO SIN INTERVENCIÓN DEL USUARIO |
 Diseño básico para la automatización de la selección de colonias con un tamaño reducido. Sistema ideal para sustituir la selección manual por automática que permite una configuración del soporte de placas y uso de material de laboratorio flexibles. |
 Desde la siembra en placas a la selección: incremento del rendimiento con hasta 210 placas de destino en tres líneas de apiladores. La fluídica opcional para la siembra y estriado le permite sembrar y seleccionar muestras. |
 El sistema de selección de colonias y gestión de bibliotecas flexible, modular y completamente automatizado está listo para la integración de robótica para conseguir el máximo rendimiento y tiempo sin intervención del usuario. |
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Luz blanca y fluorescencia. |
Luz blanca y fluorescencia. |
Luz blanca y fluorescencia. |
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3000 colonias por hora en luz blanca, 2000 colonias por hora en luz fluorescente |
3000 colonias por hora en luz blanca, 2000 colonias por hora en luz fluorescente |
3000 colonias por hora en luz blanca, 2000 colonias por hora en luz fluorescente |
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Tamaño, proximidad, redondez e intensidad de fluorescencia. |
Tamaño, proximidad, redondez e intensidad de fluorescencia. |
Tamaño, proximidad, redondez e intensidad de fluorescencia. |
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Solo QPix 460 |
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Selección: 12 plates |
QPix 450: Hasta 156 placas SBS estándar, 52 placas SBS estándar por apilador, hasta 3 líneas de apiladores. QPix 460: Hasta 104 placas SBS estándar, 52 placas SBS estándar por apilador, hasta 2 líneas de apiladores. |
Configurable y ampliable con automatización. Sin límite en el número de placas. |
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2 o 3 líneas de apiladores |
Alojamientos para placas |
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Sin intervención manual: |
Sin intervención manual: |
Modo de automatización: |
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25 minutos cada vez: solo hay que volver para retirar las placas de destino después de que se haya llenado con 12 |
QPix 450: 156 placas x 96 colonias por placa = 14 976 colonias seleccionadas en 4,5 horas QPix 460: 104 placas x 96 colonias por placa = 9984 colonias seleccionadas en 3 horas |
La duración completa del ciclo |
Recursos más recientes
Aplicaciones de los selectores de colonias microbianas QPix serie 400
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Zona de inhibición antibiótica
La eficacia de una cepa bacteriana productora de antibiótico sobre otra cepa bacteriana específica se puede determinar midiendo el tamaño de la zona de aclaramiento que produce sobre un césped de bacterias. El software QPix le permite identificar, clasificar y seleccionar rápidamente las colonias microbianas que producen zonas de aclaramiento. El análisis inteligente de las imágenes permite la medición de zonas de aclaramiento dentro de un césped de bacterias y su clasificación en función del tamaño de la colonia, el diámetro del halo y la compactación.
Biocombustibles
Uno de los recursos de energía alternativa más importante es el biodiésel, un combustible portátil altamente energético compuesto principalmente de triacilgliceroles. La producción de biodiésel a partir de sistemas microbianos productores de lípidos implica el cribado de miles de clones mediante una multitud de pruebas como los ensayos de ácido bicincónico (BCA), mediciones de la densidad óptica y ensayos de cromatografía de gases. Los selectores de colonias QPix automatizan la tarea de selección de colonias, un proceso laborioso y propenso a errores, acortando de forma eficiente el tiempo hasta encontrar candidatos adecuados.
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Cribado azul/blanco
El cribado de transformantes bacterianos que contienen plásmidos recombinantes con insertos de genes clonados es un paso esencial en la clonación molecular. El método de indicador colorimétrico denominado “cribado azul/blanco” permite la identificación fácil de colonias recombinantes y no recombinantes en función del color. Los selectores de colonias QPix ofrecen una solución automatizada diseñada especialmente para un exacto cribado colorimétrico azul/blanco utilizando la adquisición de imágenes de luz blanca para monitorizar de forma eficaz la eficiencia de la transformación. También se pueden implementar en los sistemas otros métodos colorimétricos, como el “cribado rojo/blanco”.
Secuenciación de ADN
La secuenciación es la lectura del orden preciso de los nucleótidos adenina (A), guanina (G), citosina (C) y timina (T) en una molécula de ADN. La secuenciación “shotgun” es un método en el que el ADN se fragmenta en trozos de una kilobase y posteriormente se subclonan en plásmidos circulares y se transfectan a bacterias. La selección automática de colonias es esencial para incrementar el rendimiento y el aislamiento de los plásmidos para la secuenciación. Los selectores de colonias QPix son conocidos por su fiabilidad y exactitud y se utilizaron en muchos centros de secuenciación durante el Proyecto Genoma Humano. Muchas áreas de investigación, como el desarrollo de vacunas, continúan utilizando técnicas de secuenciación tradicionales.
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Anticuerpos monoclonales (AcM)
Los anticuerpos monoclonales (AcM) se originan a partir de una única célula parental, por lo que se unen exclusivamente a un único epítopo. El descubrimiento de anticuerpos normalmente hace referencia al cribado e identificación de anticuerpos específicos que reconocen un epítopo específico para el diagnóstico y tratamiento de enfermedades, como el coronavirus para la COVID-19.
Despliegue de fagos
El despliegue de fagos es una técnica que permite el estudio de la interacción de proteínas, péptidos o el ADN con una proteína diana. Esta herramienta molecular permite el descubrimiento de ligandos de alta afinidad mediante el uso de bacteriófagos para presentar una proteína diana en el exterior de la cubierta vírica, a la vez que contiene dentro de la cubierta vírica el ADN que codifica la proteína diana. Los fagos desplegados resultantes se puede cribar en función de su unión frente a una biblioteca de péptidos o proteínas en un formato de alto rendimiento. Los selectores de colonias QPix se pueden usar para automatizar la inoculación, siembra, extensión y selección en un flujo de trabajo de despliegue de fagos.
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Evolución de proteínas
La evolución de las proteínas describe los cambios a lo largo del tiempo en la forma, función y composición de las proteínas. La evolución dirigida de las proteínas ha demostrado ser una estrategia eficaz para alterar o mejorar la actividad de macromoléculas para aplicaciones industriales, de investigación y terapéuticas. Con varios filtros fluorescentes, el sistema es compatible con una gran variedad de vectores de clonación fluorescentes. Esto permite a los selectores de colonias QPix revelar información única sobre las colonias individuales cuando se estudia el pliegue de proteínas, la evolución de enzimas y la localización de proteínas. Esto incluye la búsqueda de marcadores de transformación y el cribado de mutaciones.
Biología sintética
La biología sintética es un término amplio que hace referencia a la manipulación de vías genéticas para aprovechar el poder de los sistemas biológicos existentes en nuevas vías (a menudo para producir moléculas o proteínas). La biología sintética aplica a sistemas biológicos principios que proceden de ingeniería, específicamente ciclos de diseño-construcción-prueba-aprendizaje. Aprovechando los flujos de trabajo de alto rendimiento, los biólogos sintéticos pueden acelerar este proceso.
Especificaciones y opciones de los selectores de colonias microbianas QPix serie 400
Recursos de los selectores de colonias microbianas QPix serie 400
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Automatización de biología sintética: cinco consejos para mejorar su proceso de clonación molecular
Synthetic Biology Automation: Five Tips to Improve Your Molecular Cloning Process
Una de las mayores preocupaciones mundiales es nuestro uso excesivo de recursos y su innegable impacto en el medio ambiente. En particular, los procesos de fabricación requieren enormes cantidades de...
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Función de los anticuerpos monoclonales frente a la COVID-19
The role of Monoclonal Antibodies against COVID-19
Descubra por qué los AcM son fundamentales para luchar contra el SARS-CoV-2 y cómo la pandemia ha conformado su proceso de descubrimiento y desarrollo. Durante los últimos tres años, el desarrollo de...
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Cronología de la COVID-19: Diagnóstico, vacunas y desarrollo de anticuerpos terapéuticos
COVID-19 Timeline: Diagnostics, Vaccines, and Therapeutic Antibody Development
Las iniciativas internacionales de investigación se centran en entender el virus SARS-CoV-2 para desarrollar posibles tratamientos para la COVID-19. Únase a nosotros mientras exploramos una cronología científica de...
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Soluciones para el cribado de clones
Clone screening solutions
Avance en su cribado microbiano y de clones de mamífero con las tecnologías automatizadas probadas
Folleto breve
Optimice su flujo de trabajo de biología sintética con soluciones de Beckman Coulter Life Sciences y Molecular Devices
Streamline your synthetic biology workflow with solutions from Beckman Coulter Life Sciences and Molecular Devices
La biología sintética es una ciencia interdisciplinar con el potencial de influir en aplicaciones académicas e industriales, incluida la creación de nuevos tratamientos y vacunas, fitología...
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Tiempo disponible con QPix
QPix Walkaway Time
La adaptación se está convirtiendo en un factor cada vez más importante en biología. La capacidad de ampliar un proceso aumenta las posibilidades de que se pueda identificar de forma más fácil y eficiente...
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Conozca a nuestra científica de aplicaciones de campo: Dwayne Carter
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Dwayne Carter nos muestra la bioimpresión 3D, el cribado de clones y la cocina caribeña Dwayne Carter es biólogo celular y educador y se incorporó a Molecular Devices en noviembre de 2020...
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Predicciones para 2021 sobre la tecnología en ciencias biológicas
Life sciences technology predictions for 2021
Durante más de 30 años, Molecular Devices ha estado a la vanguardia de los avances técnicos que han contribuido a importantes avances científicos. Para dar inicio al nuevo año,...
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Serie de selectores de colonias QPix
QPix colony picking series
Los sistemas QPix™ se ganaron una reputación bien merecida por su rendimiento y fiabilidad durante la carrera para secuenciar el genoma humano con el Proyecto Genoma Humano, y continúan ayudando...
eBook
Acelere el desarrollo de vacunas
Accelerate vaccine development
La inmunología es ahora, más que en ningún otro momento de la historia reciente, uno de los principales campos de investigación. Los anticuerpos monoclonales (AcM) siguen disfrutando de enorme interés como tratamientos potenciales...
Adelantos para los clientes
Inscripta permite que los científicos realicen la edición digital del genoma...
Inscripta enables scientists to perform digital genome editing…
La visión de Inscripta es popularizar en el mundo la edición adaptable del genoma ofreciendo una plataforma integral formada por software, instrumento, reactivos y consumibles para permitir...
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Sondas de selección específicas de organismos del sistema QPIX serie 400
Organism-specific picking pins of the QPIX 400 series
Documento en formato de una página que cubre las ventajas de la variedad de cabezales de QPix, las características de las diferentes sondas y las ventajas del sistema de baño de lavado.
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Folleto breve
Avances en el cribado de despliegue de fagos con innovación tecnológica
Advances in phage display screening with technology innovation
El despliegue de fagos se describió por primera vez en 1985, cuando P. Smith demostró una forma de introducir un gen exógeno de una proteína de interés en el gen de la proteína de la cubierta de un bacteriófago. Esto...
Publicaciones
Filtro para croma QPix™ Filtro óptico de película delgada para la selección de colonias azules/blancas
QPix™ Chroma Filter Thin Film Optical Filter for Blue/White Colony Selection
El filtro para croma QPix™ es un filtro óptico traslúcido de película delgada que proporciona un método robusto para seleccionar y recoger con confianza colonias bacterianas raras de expresión en función de la intensidad del color…
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Selectores de colonias microbianas QPix personalizados
QPix Custom Microbial Colony Pickers
El Edinburgh Genome Foundry (EGF) se dedica al diseño y ensamblaje automáticos de construcciones grandes de ADN utilizando una plataforma robótica completamente automatizada. Necesitaban un selector de colonias automático...
Infografía
Selección de colonias para estudios del microbioma
Colony picking for microbiome studies
Descubra cómo los selectores automáticos de colonias pueden acelerar el proceso para estudios del microbioma.
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Infografía
Selección de colonias en biología sintética
Colony picking in synthetic biology
Descubra cómo los selectores automáticos de colonias pueden acelerar el proceso para la investigación en biología sintética.
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Adelantos para los clientes
En Harvard Medical School utilizan los selectores de colonias QPix para mapear redes de interacciones macromoleculares para ayudar a comprender la relación entre fenotipo y genes.
Harvard Medical School uses the QPix colony pickers to map networks of macromolecular interactions to help understand phenotype to gene relationship
En el Center for Cancer Systems Biology (CCSB) del Dana-Farber Cancer Institute, utilizan estrategias experimentales e informáticas para desvelar interacciones biológicas complejas. Usando...
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Adelantos para los clientes
En Zymergen utilizan el selector de colonias QPix para producir mejores microbios en el sector de la fermentación
Zymergen uses the QPix colony pickers to make better microbes in industrial fermentation
Zymergen es una empresa tecnológica que utiliza biología de alto rendimiento para impulsar la próxima revolución industrial. Su método de diseño, construcción y análisis de microbios depende de...
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Reactivos y suministros
Reagents and Supplies
Molecular Devices ofrece productos y soluciones incomparables que utilizan la adquisición de imágenes y el análisis inteligente de imágenes para respaldar la investigación básica y el desarrollo farmacéutico y biofarmacéutico...
Póster científico
QPIX serie 400, más que un simple selector robótico de colonias microbianas con software mejorado y nuevas funciones de selección de colonias
The QPIX 400 Series, more than just Robotic Microbial Colony Pickers with Enhanced Software and New Colony Selection Features
Consulte el póster para conocer el sistema QPix serie 400 que permite la automatización del flujo de trabajo completo para la selección de colonias, permitiendo reducir los tiempos y aumentar la productividad...
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Póster científico
Validación de los selectores de colonias microbianas de última generación usando fluorescencia en una solución de flujo de trabajo completa
Validation of Next Generation Microbial Colony Pickers using Fluorescence in a Complete Workflow Solution
Descargue el PDF para obtener información sobre los selectores de colonias microbianas QPix serie 400 con cribado selectivo de clones raros.
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Póster científico
Cribado de alto rendimiento y selección de productores altos de lípidos para biocombustibles
High-Throughput Screening and Selection of High Lipid Producers for Biofuels
Descubra cómo seleccionando colonias con alta intensidad de fluorescencia con Rojo Nilo es posible encontrar las colonias con alta producción de lípidos deseadas en un cribado primario inicial.
Hoja de datos
No solo E. coli: transferencia eficiente y automática de colonias microbianas de una gran variedad de microorganismos
Not just E. coli — Efficient, Automated Microbial Colony Transfer for a Wide Variety of Microorganisms
Descubra cómo el selector automático de colonias microbianas QPix se ha diseñado para cubrir las necesidades de investigación de una gran diversidad de flujos de trabajo con microorganismos.
Nota de aplicación
Selección de colonias bacterianas fluorescentes con los sistemas QPix 400
Fluorescent Bacterial Colony Selection Using QPix 400 Systems
El cribado de transformantes bacterianos portadores de un plásmido ligado al gen de interés se ha facilitado gracias al uso de vectores con genes indicadores fluorescentes. La adquisición...
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Nota de aplicación
Selección fácil con QPix 400: diferentes modalidades de selección, amplia variedad de microorganismos
Easy picking with the QPix 400: multiple selection modalities, wide range of microorganisms
A través de algoritmos sofisticados, el software fácil de usar con criterios de selección personalizables y los algoritmos y accesorios específicos de organismos, los selectores de colonias QPix serie 400 son una...
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Nota de aplicación
Cribado de alto rendimiento y selección de productores altos de lípidos para biocombustibles
High-throughput screening and selection of high lipid producers for biofuels
Uno de los principales cuellos de botella en la producción de biocombustibles es la identificación rigurosa más rápida de colonias positivas de alto valor que es posible mediante la lectura objetiva y funcional del producto final en el...
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Nota de aplicación
Aproveche los patrones de siembra personalizables para una mayor flexibilidad en la manipulación de las muestras con el sistema selector de colonias microbianas automatizado QPix 460
Take advantage of customizable plating patterns for extra flexibility in sample handling with the QPix 460 automated microbial colony picker system
Consulte los detalles sobre los patrones de siembra personalizados en el selector de colonias microbianas automatizado QPix 460. Más información en esta nota de aplicación.
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Nota de aplicación
Metagenómica sintética: conversión de la información digital de nuevo en biología
Synthetic metagenomics: converting digital information back to biology
Los investigadores del Department of Energy’s Joint Genome Institute (DoE JGI) de los Estados Unidos han desarrollado procesos metagenómicos sintéticos con ayuda de tecnologías de cribado de alto rendimiento, para...
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Nota de aplicación
Cribado de fluorescencia ampliado con QPix serie 400
Expanded fluorescence screening using QPix 400 series
El cribado de bacterias es un método popular para detectar bacterias recombinantes en la clonación molecular con vectores. También se puede usar para medir la expresión de proteínas específicas y...
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Adelantos para los clientes
En la Universidad de Edimburgo utilizan el selector de colonias QPix para ampliar la escala de fabricación de ADN
University of Edinburgh uses QPix colony pickers to scale up DNA manufacturing
En Edinburgh Genome Foundry (EGF) fabrican material genético para sus clientes utilizando una plataforma robótica completamente automatizada, mediante la creación y modificación de cadenas de ADN de hasta un mega...
Consejos para la automatización de aplicaciones de clonación molecular e ingeniería de cepas
Vídeo demo de QPix
Ver QPix en acción en Edinburgh Genome Foundry
Flujo de trabajo de inmunología y desarrollo de vacunas
SynBioBeta: grupo de debate sobre QPix 2020
Selección en placa
Metagenómica sintética: conversión de la información digital de nuevo en biología
QPix 400
Number of Citations*: 353
Latest Citations: For a complete list, please click here .
*Source: https://scholar.google.com/
Dated: Oct 28, 2014Publication Name: Front. MicrobiolImpact of interspecific interactions on antimicrobial activity among soil bacteria
Certain bacterial species produce antimicrobial compounds only in the presence of a competing species. However, little is known on the frequency of interaction-mediated induction of antibiotic compound production in natural communities of soil bacteria. Here we developed a high-throughput method to screen for the production of antimicrobial… View moreCertain bacterial species produce antimicrobial compounds only in the presence of a competing species. However, little is known on the frequency of interaction-mediated induction of antibiotic compound production in natural communities of soil bacteria. Here we developed a high-throughput method to screen for the production of antimicrobial activity by monocultures and pair-wise combinations of 146 phylogenetically different bacteria isolated from similar soil habitats. Growth responses of two human pathogenic model organisms, Escherichia coli WA321 and Staphylococcus aureus 533R4, were used to monitor antimicrobial activity. From all isolates, 33% showed antimicrobial activity only in monoculture and 42% showed activity only when tested in interactions. More bacterial isolates were active against S. aureus than against E. coli. The frequency of interaction-mediated induction of antimicrobial activity was 6% (154 interactions out of 2798) indicating that only a limited set of species combinations showed such activity. The screening revealed also interaction-mediated suppression of antimicrobial activity for 22% of all combinations tested. Whereas all patterns of antimicrobial activity (non-induced production, induced production and suppression) were seen for various bacterial classes, interaction-mediated induction of antimicrobial activity was more frequent for combinations of Flavobacteria and alpha- Proteobacteria. The results of our study give a first indication on the frequency of interference competitive interactions in natural soil bacterial communities which may forms a basis for selection of bacterial groups that are promising for the discovery of novel, cryptic antibiotics.
Contributors: Olaf Tyc, Marlies van den Berg, Saskia Gerards, Johannes A. van Veen, Jos M. Raaijmakers, Wietse de Boer, and Paolina Garbeva
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Dated: Mar 19, 2004Publication Name: The Journal of Biological Chemistry
Improved Catalytic Efficiency and Active Site Modification of 1,4-β-D-Glucan Glucohydrolase A from Thermotoga neapolitana by Directed Evolution*
Thermotoga neapolitana 1,4-β-D-glucan glucohydrolase A preferentially hydrolyzes cello-oligomers, such as cellotetraose, releasing single glucose moieties from the reducing end of the cello-oligosaccharide chain. Using directed evolution techniques of error-prone PCR and mutant library screening, a variant glucan glucohydrolase has been isolated… View moreThermotoga neapolitana 1,4-β-D-glucan glucohydrolase A preferentially hydrolyzes cello-oligomers, such as cellotetraose, releasing single glucose moieties from the reducing end of the cello-oligosaccharide chain. Using directed evolution techniques of error-prone PCR and mutant library screening, a variant glucan glucohydrolase has been isolated that hydrolyzes the disaccharide, cellobiose, at a 31% greater rate than its wild type (WT) predecessor. The mutant library, expressed in Escherichia coli, was screened at 85 °C for increased hydrolysis of cellobiose, a native substrate rather than a chromogenic analog, using a continuous, thermostable coupled enzyme assay. The Vmax for the mutant was 108 ± 3 units mg-1, whereas that of the WT was 75 ± 2 units mg-1. The Km for both proteins was nearly the same. The kcat for the new enzyme increased by 31% and its catalytic efficiency (kcat/Km) for cellobiose also rose by 31% as compared with the parent. The nucleotide sequence of two positive clones and two null clones identified 11 single base shifts. The nucleotide transition in the most active clone caused an isoleucine to threonine amino acid substitution at position 170. Structural models for I170T and WT proteins were derived by sequence homology with Protein Data Bank code 1BGA from Paenibacillus polymyxa. Analysis of the WT and I170T model structures indicated that the substitution in the mutant enzyme repositioned the conserved catalytic residue Asn-163 and reconfigured entry to the active site.
Contributors: James K. McCarthy, Aleksandra Uzelac, Diane F. Davis and Douglas E. Eveleigh
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Dated: Aug 21, 2003Publication Name: the plant journal
The transcriptional response of Arabidopsis to genotoxic stress – a high‐density colony array study (HDCA)
A genome‐wide transcription profiling of Arabidopsis upon genotoxic stress has been performed using a high‐density colony array (HDCA). The array was based on a library of 27 000 cDNA clones derived from Arabidopsis cells challenged with bleomycin plus mitomycin C. The array covers more than 10 000 individual genes (corresponding to at least 40%… View moreA genome‐wide transcription profiling of Arabidopsis upon genotoxic stress has been performed using a high‐density colony array (HDCA). The array was based on a library of 27 000 cDNA clones derived from Arabidopsis cells challenged with bleomycin plus mitomycin C. The array covers more than 10 000 individual genes (corresponding to at least 40% of Arabidopsis genes). After hybridisation of the HDCA with labelled cDNA probes obtained from genotoxin‐treated (bleomycin plus mitomycin C, 6 h) and untreated seedlings, 39 genes revealed an increased and 24 genes a decreased expression among the 3200 highly expressed clones (representing approximately 1200 individual genes because of redundancy of the cDNA library). Of the 4900 clones with a low transcriptional level, the expression of 500 clones was found to be altered and 57 genes with increased and 22 genes with decreased expression were identified by sequence analysis of 135 identified clones. The HDCA results were validated by real‐time PCR analysis. For about 80% of genes (34 out of 42), alteration in expression was confirmed, indicating the reliability of the HDCA for transcription profiling. DNA damage and stress‐responsive genes encoding, for instance transcription factors (myb protein and WRKY1), the ribonucleotide reductase small subunit (RNR2), thymidine kinase (TK), an AAA‐type ATPase, the small subunit of a DNA polymerase and a calmodulin‐like protein were found to be strongly upregulated. Also, several genes involved in cell cycle regulation revealed significant alteration in transcription, as detected by real‐time PCR analysis, suggesting disturbance of cell cycle progression by mutagen treatment.
Contributors: I‐Peng Chen, Urs Haehnel, Lothar Altschmied, Ingo Schubert, Holger Puchta
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Productos y servicios relacionados de los selectores de colonias microbianas QPix serie 400
Aplicaciones destacadas
Zona de inhibición antibiótica
La eficacia de una cepa bacteriana productora de antibiótico sobre otra cepa bacteriana específica se puede...
Biocombustibles
Uno de los recursos de energía alternativa más importante es el biodiésel, un combustible portátil altamente energético...
Cribado azul/blanco
El cribado de transformantes bacterianos que contienen plásmidos recombinantes con insertos de genes clonados es...
Secuenciación de ADN
La secuenciación es la lectura del orden preciso de nucleótidos adenina (A), guanina (G), citosina (C) y timina...
Anticuerpos monoclonales (AcM)
Los anticuerpos monoclonales (AcM) se originan a partir de una única célula parental, por lo que se unen exclusivamente a un único...
Despliegue de fagos
El despliegue de fagos es una técnica que permite el estudio de la interacción de proteínas, péptidos o el ADN con...
Evolución de proteínas
La evolución de las proteínas describe los cambios a lo largo del tiempo en la forma, función y composición de las proteínas...
Biología sintética
La biología sintética es un término amplio que hace referencia a la manipulación de vías genéticas para aprovechar...
Adelantos para los clientes
HISTORIA DE ÉXITO
Inscripta permite que los científicos realicen la edición digital del genoma...
¿Cómo podemos ayudarle a avanzar en su próximo gran descubrimiento?
Nuestros equipos altamente calificados están en primera línea con nuestros clientes, realizando demostraciones remotas o in situ de productos, seminarios web y más para ayudarle a resolver los difíciles desafíos de su investigación. ¿Cómo podemos ayudarlo hoy?
Me gustaría...